反滲透設備的清洗有兩種方式，在線清洗和離線清洗。
在線清洗是指對反滲透裝置整體進行清洗，膜元件不用拿出壓力容器，通常在較大系統中設計使用。此清洗方式操作簡單方便，時間短，但容易造成清洗不徹底，效果不理想。當反滲透裝置污染較輕時可采用此方法。
離線清洗是指將膜元件從反滲透壓力容器中卸下，裝入專用清洗設備中進行清洗，通常一次清洗數量不超過6支。此清洗方式操作簡單方便，清洗徹底、效果最佳。但膜元件較多時，清洗時間較長。當反滲透污染較嚴重或在線清洗效果差時可采用此方法。
EDI 清洗
隨著工作時間的累積，需要對EDI模塊進行清洗及消毒，這是因為：
1. 金屬結垢或硬度，主要產生在濃水室內
2.在離子交換樹脂或膜形成無機物污垢（例如，硅）
3.在離子交換樹脂或膜形成有機物污垢
4.EDI模塊和系統管道及其它部件的生物污垢
5.以上所有情況一起出現
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