太湖跨江蘇、浙江和上海兩省一市，太湖流域更是覆蓋幾乎整個長江三角洲，因此長期致力于太湖污染治理工程的中國科學院南京地理與湖泊研究所所長楊桂山博士也認為，僅靠沿湖省市的努力無法根治太湖污染問題，這需要全流域的地區制定嚴格的排放標準。

　　除了流域范圍內的協調，這些一線官員們還抱怨，不同政府部門之間的協調也亟待改進。前述江蘇省水利廳官員對記者表示，“我們現在治理一個太湖，需要跟十多個中央部委打交道。成本很高的！”

　　此外，有官員強烈建議中央政府建立生態補償機制，讓真正的生態保護省市能獲得應有的回報。

　　中國環境規劃院副院長王金南表示，目前建立河湖治理的協調機制已經顯得非常急切。“我們也確實在考慮解決這些問題。比如說，正在抓緊編制《重點流域水污染防治“十二五”規劃》、研究生態補償機制、排污權有償使用與排污交易機制試點等等。”

　　參加世界湖泊大會的一位環保部官方專家向記者透露，環保部與財政部已經聯合啟動了 《關于開展排污權有償使用與排污交易試點工作的指導意見》(以下簡稱《指導意見》)的制定工作，“文件已經成形了，財政部和環保部不久前剛剛在杭州組織召開了一個征求意見的座談會。應該不久就會下發。”

　　據悉，這份文件將進一步明確“水污染誰付費”的原則，因此“在很大程度上應該有助于解決目前權責不對等的問題。”這位專家說。